Por enésima vez en el campeonato Hamilton logro la primera posición en la salida del Gran Premio de Japón pero nuevamente su hambre de triunfo combinada con su desequilibrio mental por ganar a como de lugar le causaron problemas al inicio de la carrera. Kimi arrancando de atrás se lanzó al apagarse las luces y logro el primer puesto, el inglés se lanzó como auténtica flecha de plata para recuperar dicha posición y de paso sacar a ambos Ferrari del trazo.
Con este movimiento se benefició Kubica y Alonso mientras que Coulthard tenía un contacto con Nakajima siendo el primero el más afectado al despedazar su monoplaza en la barrera de contención. Al reordenarse un poco la parrilla Hamilton por delante de Massa se enfrascaron en un duelo cruento que culminó cuando en la curva 10 el brasileño se pasó en la frenada y siguió un poco de largo lo que le dio paso a Hamilton pero Felipe se metió "a la mala" nuevamente impactando el auto de Lewis causándole un trompo y mandándolo hasta el final del contingente de monoplazas.
Alonso comenzó a marcar buenos tiempos y a la larga era el piloto más rápido incluso con las paradas de pits el piloto español no perdió mucho y seguía saliendo al frente. Su ventaja y tranquilidad se acrecentó cuando Massa y Hamilton fueron penalizados con un pase lento por pits lo que retrasó a Felipe e hizo perder toda oportunidad de puntos a Lewis. Pero las irregularidades no quedaron ahí, ya que Massa en plena recta y peleando por posición rebasó a Webber por arriba de la línea de salida de pits, aunque este movimiento tal vez lo podríamos entender cuando el piloto de Red Bull le cerró totalmente el camino.
Pero lo que no se puede entender fue lo acontecido con Sebastien Bourdais quien se encontraba en la quinta posición y salía de pits sin ninguna anomalía y tomaba la curva a la derecha al salir, pero Massa venía de la recta principal ya con el coche descargado de combustible marcando buenos tiempos, Felipe quien sabe en qué estaría pensando y dio la vuelta pegado a Bourdais como si el brasileño fuera solo lo que causo un medio trompo al piloto de la Scudería. Lo extraño no fue esto si no que posteriormente se penalizó al piloto francés sacándolo de los puntos que había logrado en el sexto puesto final que consiguió.
